李伟忠实验室-成员

基本介绍

姓名：邬繁杰		职称：博士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：wufj5@mail2.sysu.edu.cn

个人简介

邬繁杰，2019年本科毕业于海南大学生物科学理科实验班，2022年毕业于中山大学药学院（深圳）。研究方向集中于癌症的单细胞转录组、转录组、基因组分析及单细胞多组学集成。曾重点关注肺癌演进及单细胞转录组图谱平台构建。现为中山大学中山医学院精准医学生物信息学实验室2022级博士。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术论著:

Hu,X.,Hu,Y.,Wu,F.,Leung,R.,&Qin,J.(2020). Integration of single-cell multi-omics for gene regulatory network inference. Computational and structural biotechnology journal, 18, 1925–1938. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.06.033

Wang,C.,Zong,X.,Wu,F.,Leung,R.,Hu,Y.,&Qin,J.(2022).DNA- and RNA-Binding Proteins Linked Transcriptional Control and Alternative Splicing Together in a Two-Layer Regulatory Network System of Chronic Myeloid Leukemia. Frontiers in molecular biosciences, 9, 920492. https://doi.org/10.3389/fmolb.2022.920492

学术兼职

基本介绍

姓名：蔡文灏		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：randy_caii@outlook.com

个人简介

蔡文灏，2022年本科毕业于湖南师范大学数学与统计学院，信息与计算科学（计算数学）专业，现为中山大学中山医学院2022级硕士，中山大学精准医学生物信息实验室成员，师从李伟忠教授。目前主要研究方向为基于深度学习、机器学习算法的生物信息学分析。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：肖沁原		职称：本科
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：女		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：2249881953@qq.com

个人简介

肖沁原，中山大学中山医学院2019级基础医学本科生，现为中山大学精准医学生物信息实验室成员。对医学生物信息学，医学与人工智能交叉有浓厚兴趣。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：周丁力		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：zhoudingli1999@126.com

个人简介

周丁力，2021年本科毕业于华南师范大学计算机学院，计算机科学与技术专业，现为中山大学中山医学院2021级硕士，中山大学精准医学生物信息实验室成员，师从李伟忠教授。目前主要研究方向为有关单细胞转录组，空间转录组的生物信息学分析。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：郑世康		职称：软件工程师
研究方向：无		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠教授
学科专业：软件工程		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：15627798301@qq.com

个人简介

郑世康，目前于李伟忠实验室担任软件工程师一职，主要负责实验室相关项目的网站开发以及维护、实验室服务器设备的维护等。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：罗兆铭		职称：软件工程师
研究方向：无		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠教授
学科专业：计算机科学与技术		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：2206215172@qq.com

个人简介

罗兆铭，目前于李伟忠实验室担任软件工程师一职，主要负责实验室相关项目的网站开发以及维护。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

教师姓名：李伟忠		职称：教授
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：博士导师,硕士导师
学科专业：生物信息学		办公电话： 020-85295864
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：liweizhong@mail.sysu.edu.cn

个人简介

李伟忠，中山大学百人计划2016年国外引进高层次人才，中山大学中山医学院和精准医学科学中心教授、博士生导师，国家精准医学研究2016年重点专项子课题“精准医学大数据的整合与注释”负责人。曾任欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI，英国剑桥）生物信息学家/高级软件工程师（2009-2016），国际核酸联合会（INSDC）欧洲部成员，国际蛋白质联盟 UniProt Consortium 成员，国际分子生物智能系统大会(ISMB)会员。在 Molecular Systems Biology，P.N.A.S.，Nucleic Acids Research，Bioinformatics 等国际权威期刊发表论文共二十多篇，参编专著两部，SCI引用近2700，Google Scholar总引用近8000 次。担任 Nucleic Acids Research，Bioinformatics, Database (Oxford) 等国际权威生物信息期刊评审；欧洲计算生物学大会(ECCB)会议展示评审。多次受邀参加国际分子生物智能系统(ISMB)、生物IT（BioIT）等国际学术会议并发表学术报告和成果展示。

重要学术研究成果与贡献

主要研究方向为生物大数据分析大平台和生物信息工具开发与知识库构建。利用大数据分析、分布式计算大平台、大型数据库等技术，设计和实施欧洲生物信息研究所以大数据高性能计算为基础的核心生物信息分析大平台，被同行和用户评价为最闪亮的生物信息平台,第一作者文章刊登在2015年的 Nucleic Acids Research (IF 9.20)期刊上；建立了全球最完整的生物专利序列数据库,两篇第一作者文章分别刊登在 Nucleic Acids Research （IF 9.20）和 Database (Oxford) 权威期刊上；创新性设计开发的蛋白精确迭代检索引擎 PSI-Search，鉴定远亲同源蛋白，第一作者文章刊登在 2012年的Bioinformatics上；新版软件PSI-Search 2, 利用多重排比嵌入位点得分点阵（PSSM）过滤法和蛋白域特征注释，精确度超过著名同类软件NCBI PSI-BLAST的20多倍（In submission）。深度参与国际重大生物信息项目，如国际蛋白数据库UniProt、国际核酸数据库 ENA/GenBank、基因组数据库 Ensembl Genomes、蛋白家族数据库 Pfam、多序列比对工具 Clustal Omega、大分子功能注释工具InterProScan 等，10多篇合作文章刊登在Molecular System Biology (IF 10.58), Nucleic Acids Research （IF 9.20）和 Bioinformatics (IF 5.77)等权威期刊上,为世界范围的生物医学大数据建设和共享作出了积极贡献。热情投身祖国科研合作，担任北京协和医学院客座教授（2015年），促成了中山大学和欧洲生物信息研究所的交流合作。

学术论著与教材

Selected Publication:

Pearson WR, Li W, Lopez R. Query-seeded iterative sequence similarity searching improves selectivity 5-20-fold. Nucleic Acids Res. 2016 Dec . PMID: 27923999.

Li W, Cowley A, Uludag M, Gur T, McWilliam H, Squizzato S, Park YM, Buso N, Lopez R. The EMBL-EBI bioinformatics web and programmatic tools framework.Nucleic Acids Res. 2015 Jul;43(W1) W580-4. PMID: 25845596

Sievers F, Wilm A, Dineen D, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H, Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG. Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega. Mol Syst Biol. 2011;7 539. PMID: 21988835

UniProt Consortium. UniProt: a hub for protein information. Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue) D204-12. PMID: 25348405

Li W, McWilliam H, de la Torre AR, Grodowski A, Benediktovich I, Goujon M, Nauche S, Lopez R. Non-redundant patent sequence databases with value-added annotations at two levels. Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue) D52-6. PMID: 19884134

Li W, McWilliam H, Goujon M, Cowley A, Lopez R, Pearson WR. PSI-Search: iterative HOE-reduced profile SSEARCH searching. Bioinformatics. 2012 Jun;28(12) 1650-1651. PMID: 22539666

Goujon M, McWilliam H, Li W, Valentin F, Squizzato S, Paern J, Lopez R. A new bioinformatics analysis tools framework at EMBL-EBI. Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue) W695-9. PMID: 20439314

McWilliam H, Li W, Uludag M, Squizzato S, Park YM, Buso N, Cowley AP, Lopez R. Analysis Tool Web Services from the EMBL-EBI. Nucleic Acids Res. 2013 Jul;41(Web Server issue) W597-600. PMID: 23671338

Jones P, Binns D, Chang HY, Fraser M, Li W, McAnulla C, McWilliam H, Maslen J, Mitchell A, Nuka G, Pesseat S, Quinn AF, Sangrador-Vegas A, Scheremetjew M, Yong SY, Lopez R, Hunter S. InterProScan 5: genome-scale protein function classification. Bioinformatics. 2014 May;30(9) 1236-1240. PMID: 24451626

Li W, Gracey AY, Mello LV, Brass A, Cossins AR. ExprAlign--the identification of ESTs in non-model species by alignment of cDNA microarray expression profiles.BMC Genomics. 2009;10 560. PMID: 19939286

Li W, Kondratowicz B, McWilliam H, Nauche S, Lopez R. The annotation-enriched non-redundant patent sequence databases. Database (Oxford). 2013;2013 bat005. PMID: 23396323

Silvester N, Alako B, Amid C, CerdeÃ±o-TÃ¡rraga A, Cleland I, Gibson R, Goodgame N, Ten Hoopen P, Kay S, Leinonen R, Li W, Liu X, Lopez R, Pakseresht N, Pallreddy S, Plaister S, Radhakrishnan R, Rossello M, Senf A, Smirnov D, Toribio AL, Vaughan D, Zalunin V, Cochrane G. Content discovery and retrieval services at the European Nucleotide Archive. Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue) D23-9. PMID: 25404130

Squizzato S, Park YM, Buso N, Gur T, Cowley A, Li W, Uludag M, Pundir S, Cham JA, McWilliam H, Lopez R. The EBI Search engine: providing search and retrieval functionality for biological data from EMBL-EBI. Nucleic Acids Res. 2015 Jul;43(W1) W585-8. PMID: 25855807

Pakseresht N, Alako B, Amid C, CerdeÃ±o-TÃ¡rraga A, Cleland I, Gibson R, Goodgame N, Gur T, Jang M, Kay S, Leinonen R, Li W, Liu X, Lopez R, McWilliam H, Oisel A, Pallreddy S, Plaister S, Radhakrishnan R, RiviÃ¨re S, Rossello M, Senf A, Silvester N, Smirnov D, Squizzato S, ten Hoopen P, Toribio AL, Vaughan D, Zalunin V, Cochrane G. Assembly information services in the European Nucleotide Archive. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue) D38-43. PMID: 24214989

McWilliam H, Valentin F, Goujon M, Li W, Narayanasamy M, Martin J, Miyar T, Lopez R. Web services at the European Bioinformatics Institute-2009. Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue) W6-10. PMID: 19435877

Gracey AY, Fraser EJ, Li W, Fang Y, Taylor RR, Rogers J, Brass A, Cossins AR. Coping with cold: An integrative, multitissue analysis of the transcriptome of a poikilothermic vertebrate. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Nov;101(48) 16970-16975. PMID: 15550548

Williams DR, Epperson LE, Li W, Hughes MA, Taylor R, Rogers J, Martin SL, Cossins AR, Gracey AY. Seasonally hibernating phenotype assessed through transcript screening. Physiol Genomics. 2005 Dec;24(1) 13-22. PMID: 16249311

Gonzalez SF, Chatziandreou N, Nielsen ME, Li W, Rogers J, Taylor R, Santos Y, Cossins A. Cutaneous immune responses in the common carp detected using transcript analysis. Mol Immunol. 2007 Mar;44(7) 1664-1679. PMID: 17049603.

Book Chapters:

Li W, Olohan L, Williams D, Hughes M, Gracey A, Cossins A. Application of ESTs in microarray analysis. Methods Mol Biol. 2009;533 289-309. PMID: 19277566.
Lopez R, Cowley A, Li W, McWilliam H. Using EMBL-EBI Services via Web Interface and Programmatically via Web Services. Curr Protoc Bioinformatics. 2014;48 3.12.1-50. PMID: 25501941

学术兼职

Nucleic Acids Research（IF 9.22）期刊评审
Bioinformatics（IF 5.77）期刊评审
Database(Oxford ) 期刊评审
欧洲计算生物学大会（ECCB）成果展示评审
国际分子生物智能系统大会 (ISMB) 会员

曾任

- 国际蛋白联盟 UniProt Consortium 成员
- 国际核酸联合会（（ INSDC ）欧洲）分部成员
- 协和医科大学医学院客座教授（2015年）

基本介绍

姓名：王艳妮		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：女		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：wangyn314@163.com

个人简介

王艳妮，于2020年毕业于南方医科大学基础医学院，医学实验技术专业，中山大学中山医学院2020级硕士生，现为中山大学精准医学生物信息实验室成员。曾于南方医科大学珠江医院病理科实习，有着良好的医学知识与实验技术基础，对医学数据的生物信息学分析、医学数据库群的构建有强烈兴趣。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：杨欢		职称：博士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：女		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：huanyang0730@163.com

个人简介

杨欢，2014年本科毕业于哈尔滨医科大学生物技术专业，2017年硕士毕业于电子科技大学生命科学学院生物物理专业，师从林昊教授。研究生期间主导和参与的研究课题是运用机器学习和统计学方法识别结核分支杆菌的分泌蛋白和sigma-54启动子专属数据库的构建等。曾作为生物信息实习工程师加入生命基线有限公司，负责和参与了生物数据处理、搭建pipeline和优化软件等多个项目。现为中山大学中山医学院2017级遗传学专业博士研究生，导师为中山大学精准医学生物信息实验室（Bioinformatics Laboratory for Precision Medicine）李伟忠教授。目前主要从事的研究方向为精准医学大数据的整合与注释，在超算平台上实现PB量级临床和疾病组学数据的标准化整合、功能注解及其大型软件流的开发和大型数据库群的构建。

重要学术研究成果与贡献

硕士研究生期间，主要研究方向是机器学习算法在基础生物学领域的应用。通过改进传统的伪氨基酸算法，结合支持向量机和特征选择技术，实现了对结核分支杆菌分泌蛋白的精准识别，在样本量严重失衡的情况下依然性能稳定，并开发了在线工具MycoSec可供免费使用，该成果已于2016年以第一作者发表在《BioMed Research International》（IF: 2.134），并被《第七届生物信息学与系统生物学学术大会论文集》收录。同年，参与sigma-54启动子数据库的构建，主要负责数据的搜集、整理和文章撰写工作，该成果于2017年以第三作者发表于《Bioinformatics》（IF：7.307）。此外，参与关于RNA亚细胞位置专属数据库--RNALocate数据库的构建工作，主要负责数据搜集和校对，该成果于2017年以第七作者发表于《Nucleic Acids Research》（IF: 10.162）。

学术论著与教材

学术论著：

Huan Yang,Hua Tang, Xin-Xin Chen, Chang-Jian Zhang, Pan-Pan Zhu, Hui Ding, Wei Chen*, Hao Lin*. (2016) Identification of secretory proteins in mycobacterium tuberculosis using pseudo amino acid composition. BioMed Research International, 2016: 5413903. (2015 IF: 2.134)

Zhi-Yong Liang, Hong-Yan Lai, Huan Yang,Chang-Jian Zhang, Hui Yang, Huan-Huan Wei, Xin-Xin Chen, Ya-Wei Zhao, Zhen-Dong Su, Wen-Chao Li, En-Ze Deng, Hua Tang, Wei Chen*, Hao Lin* (2017) Pro54DB: a database for experimentally verified sigma-54 promoters. Bioinformatics, 33(3): 467-469. (2016 IF: 7.307)

Ting Zhang, Puwen Tan, Liqiang Wang, Nana Jin, Yana Li, Lin Zhang, Huan Yang,Zhenyu Hu, Lining Zhang, Chunyu Hu, Chunhua Li, Kun Qian, Changjian Zhang, Yan Huang, KongningLi*, Hao Lin*, Dong Wang*. (2017) RNALocate: a resource for RNA Subcellular Localizations. Nucleic Acids Research, 45(D1): D135-D138. (2016 IF: 10.162)

学术兼职

基本介绍

姓名：杨明磊		职称：博士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠
学科专业：生物信息		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：yangmlei3@mail2.sysu.edu.cn

个人简介

杨明磊，毕业于中国农业科学院研究生院，曾担任二代测序公司生物信息学工程师。现为中山大学精准医学生物信息实验室（Bioinformatics Laboratory for Precision Medicine）成员，国家精准医学研究2016年重点专项子课题“精准医学大数据的整合与注释”参与人。熟练使用linux操作系统，R、python、shell等计算机语言。独立架构RNA-Seq、遗传病、cnv、sv、HLA分型、甲基化、免疫组库等二代测序分析流程。熟悉Ensemble，NCBI，KEGG，UCSC，omim等数据库的使用。具备较强的R语言绘图能力，熟练使用ggplot2，精通热图，柱状图，三维散点图，火山图，饼图，直方图，韦恩图，及PCA分析等。在中文核心上发表过多篇生物信息学论文。

重要学术研究成果与贡献

硕士研究生期间从事分子生物学研究工作，熟悉PCR、qPCR、转基因等分子生物学技术。研究内容为在突变体中寻找到与叶脉发育相关的基因，并利用过表达的技术验证该基因的功能。工作期间开发了RNA-Seq，WGS，WES 等多种针对二代测序的生物信息学分析流程，同时利用Docker 技术架构了针对二代测序的高可移植性的生物信息学分析流程，方便非生物信息学专业的科研人员针对二代测序数据的分析，相关内容在第二届中国计算机学会生物信息学会议中进行了报告。

学术论著与教材

学术论著:

杨明磊，晁江涛，王大伟，胡军华，龚达平，吴华，刘贯山.烟草C2H2基因家族成员鉴定及表达分析[J]. 遗传， 2016,38 (4): 337-349（生物信息学分析）

向小华, 吴新儒, 晁江涛, 杨明磊, 杨帆, 陈果, 刘贯山, 王元英. 普通烟草WRKY基因家族的鉴定及表达分析[J] . 遗传， 2016, 38 (9): 840-856

张艳艳,王倩,李晓旭,孙亭亭,龚达平,杨明磊,刘贯山.普通烟草MATE基因家族分析及功能预测[J].植物遗传资源学报,2015,16(6):1307-1314.

胡军华，王大伟，杨明磊，王新，吴新儒，吴华，刘贯山.普通烟草DREB转录因子的序列鉴定与表达分析. 中国烟草科学. 2017 ,01: 1-7

学术兼职

基本介绍

姓名：邓永洁		职称：博士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：女		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：dengyj9@mail2.sysu.edu.cn

个人简介

邓永洁，2017年本科毕业于中山大学生物科学专业，2019年硕士毕业于中山大学生物工程专业，师从任间教授。随后加入中山大学附属第一医院精准医学研究所，任职科研助理。熟练掌握基因组、转录组、甲基化组、微生物组等组学的分析以及多组学数据联合分析。曾负责基于贝叶斯、神经网络等机器学习算法的开发，用于生物序列的位点预测及显微图像的图像识别。现为中山大学中山医学院2020级博士，博士导师为中山大学精准医学生物信息实验室（Bioinformatics Laboratory for Precision Medicine）李伟忠教授。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：严朝煜		职称：博士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：yanzhy25@mail2.sysu.edu.cn

个人简介

严朝煜，2019年硕士毕业于香港浸会大学理学院计算机系高级信息系统专业，曾担任医学图像算法工程师，并在相关领域发表多篇专利。现为中山大学中山医学院2021级博士，博士导师为中山大学精准医学生物信息实验室（Bioinformatics Laboratory for Precision Medicine）李伟忠教授。目前主要从事的研究方向为影像组学相关方向。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：韩宇彤		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：女		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：hanyt7@mail2.sysu.edu.cn

个人简介

韩宇彤，2021年毕业于中国药科大学理学院，信息管理与信息系统（医药方向），中山大学中山医学院2021级硕士生，现为中山大学精准医学生物信息实验室成员。有医药和信息学交叉背景，对生物信息、精准医学的数据挖掘、构建平台有浓厚兴趣。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：姚国财		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：yaoguocai_cool@163.com

个人简介

姚国财，于2017年毕业于西北农林科技大学创新实验学院，生物技术专业，中山大学中山医学院2017级硕士研究生，中山大学精准医学生物信息实验室（Bioinformatics Laboratory for Precision Medicine）成员，国家自然科学基金项目“组学数据反向检索”参与人。兴趣爱好广泛，探索各种新技术，热爱运动，拥有积极向上的生活态度。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

毕业去向

基本介绍

姓名：王剑波		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：18512112905@163.com

个人简介

王剑波，于2018年毕业于同济大学数学科学学院，统计学专业，中山大学中山医学院2018级硕士研究生，现为中山大学精准医学生物信息实验室成员。擅长于使用R,SAS编程软件，对多元统计分析，回归分析有较深了解，曾获得全国数模竞赛上海市三等奖。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：林程浩		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：linchh25@mail2.sysu.edu.cn

个人简介

林程浩，于2019年毕业于云南大学生命科学学院，生物技术（国家生命科学与技术基地班）专业，中山大学中山医学院2019级硕士生，现为中山大学精准医学生物信息实验室成员。掌握python、R、Java、shell，对机器学习、多元统计、应用回归有浓厚兴趣。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：陈康		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：ck_since1995@163.com

个人简介

陈康，于2016年毕业于华侨大学化工学院，生物技术专业，中山大学中山医学院2020级硕士生，现为中山大学精准医学生物信息实验室成员。熟悉Linux操作系统，python、R、Java等计算机语言，曾从事Android前端开发。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

学术兼职

基本介绍

姓名：邓元帅		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：
学科专业：数据科学与计算机		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：

个人简介

邓元帅，中山大学数据科学与计算机学院研究生，软件工程专业，中山大学精准医学生物信息实验室（Bioinformatics Laboratory for Precision Medicine）成员，国家精准医学研究2016年重点专项子课题“精准医学大数据的整合与注释”参与人。目前主要研究方向是精准医学大数据和深度学习，参与“精准医学大数据的整合与注释”平台的构建，主要负责底层数据和工具支持。熟悉c/c++，了解shell, python等脚本，了解Andriod, cocos2d游戏开发。平时喜欢看动漫，跑步，热衷各种新技术，希望成为一个全栈工程师。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

毕业去向

基本介绍

姓名：雷志强		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：
学科专业：数据科学与计算机		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：

个人简介

雷志强，中山大学数据科学与计算机学院研究生，软件工程专业，中山大学精准医学生物信息实验室（Bioinformatics Laboratory for Precision Medicine）成员，国家精准医学研究2016年重点专项子课题“精准医学大数据的整合与注释”参与人。目前主要研究方向是精准医学大数据和深度学习，参与“精准医学大数据的整合与注释”平台的构建，主要负责中间件部分，熟悉c、c++、thinkPHP、数据结构和操作系统，了解Spring框架及Maven项目管理工具。热爱互联网行业，喜欢接触新技术，工作态度认真负责，具有团队合作精神。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

毕业去向

基本介绍

姓名：王玲芳		职称：硕士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：女		导师：
学科专业：数据科学与计算机		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：

个人简介

王玲芳，中山大学数据科学与计算机学院研究生，计算机技术专业，中山大学精准医学生物信息实验室（Bioinformatics Laboratory for Precision Medicine）成员，国家精准医学研究2016年重点专项子课题“精准医学大数据的整合与注释”参与人。主要研究精准医学大数据的可视化，参与“精准医学大数据的整合与注释”平台的构建，主要负责前端界面显示与数据可视化。熟悉C++、HTML+DIV+CSS+JS、计算机组成原理、计算机网络基础，了解JS常用库(AngularJS、D3.js)和前端常用工具。为人和善朴实，兴趣爱好广泛，喜欢听歌、旅游、徒步、跑步、烹饪，喜欢尝试新鲜事物。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

毕业去向

基本介绍

姓名：白录		职称：本科
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：女		导师：李伟忠教授
学科专业：医学检验		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：994289960@qq.com

个人简介

白录，2015年进入中山医学院医学检验专业就读本科，热爱生物化学和统计学等相关学科。大二时加入精准医学生物信息实验室开展科研训练。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

毕业去向

基本介绍

姓名：龙俊豪		职称：本科
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠教授
学科专业：医学检验		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱： 1024683940@qq.com

个人简介

龙俊豪，2016年于四川省绵阳市绵阳中学毕业，考入中山大学，现于中山医学院医学检验技术专业本科就读，现在在精准医学生物信息学实验室进行本科科研训练。目前的主要工作为研读信息生物学相关研究方向的文献，并积极与研究生师兄师姐进行学术方面的交流。平时喜欢看电影、听歌、滑板，是一个积极向上、阳光乐观、有上进心和钻研精神的同学。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

毕业去向

基本介绍

姓名：王晶		职称：本科
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：
学科专业：数据科学与计算机		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：645349357@qq.com

个人简介

王晶，2016年考入中山大学数据科学与计算机学院，就读于软件工程专业，现进入精准医学生物信息学实验室进行实习，参与和计算机相关的内容和学习。目前主要进行的工作是前端的开发和设计，未来会向后端和人工智能等方向学习和研究。

重要学术研究成果与贡献

学术论著与教材

毕业去向

基本介绍

姓名：张文亮		职称：博士
研究方向：精准医学大数据		行政职务：无
性别：男		导师：李伟忠教授
学科专业：生物信息学		办公电话：无
通讯地址：广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼李伟忠课题组
电子邮箱：zhangwl25@mail2.sysu.edu.cn

个人简介

张文亮，2013年本科毕业于江西农业大学生物工程专业，2016年硕士毕业于中山大学中山医学院生物化学与分子生物学专业，师从王海河教授。随后加入基因测序领域国际领头企业华大基因集团，分别担任目标序列捕获测序技术支持工程师和遗传分析工程师职位，期间有幸被入选深圳华大基因股份有限公司“华鹰计划”第一期人才培养计划，思想导师为深圳华大基因股份有限公司CEO尹烨老师。现为中山大学中山医学院2017级遗传学专业博士研究生，博士导师为中山大学精准医学生物信息实验室（Bioinformatics Laboratory for Precision Medicine）李伟忠教授。目前主要从事的相关研究方向为精准医学大数据的整合与注释：在超算平台上实现PB量级临床和疾病组学数据的标准化整合、功能注解以及其大型软件流的开发和大型数据库群的构建。

重要学术研究成果与贡献

硕士研究生期间，通过组织芯片实验证实了多聚胞嘧啶结合蛋白1（Poly C Binding Protein 1, PCBP1）基因在临床卵巢癌组织样品中表达下调，且其表达下调与卵巢癌组织的细胞自噬水平以及卵巢癌的发生进展显著正相关。随后分子实验证实过表达PCBP1促进肿瘤细胞的凋亡。并在分子和细胞机制方面，进一步揭示了PCBP1表达下调是通过增加细胞自噬相关基因LC3B mRNA稳定性和其蛋白表达，诱发细胞自噬，促进肿瘤细胞在饥饿条件下存活的分子机制。部分成果已于2016年分别以第一作者发表在《 International Journal of Biochemistry and Cell Biology》杂志（影响因子4.056）和《中山大学学报（自然科学版）》（中文核心）。此外，参与的过表达促肿瘤转移相关基因PRL-3诱发斑马鱼脊索瘤发生的相关研究，已以共同作者于2016年发表在《International Journal of Oncology》杂志（影响因子3.03）。在华大基因期间，主导了“一种采集管式干血斑采样装置”的设计，作为第一发明人，该实用新型设计目前已获国家知识产权局受理。

学术论著与教材

学术论著:

Zhang W#, Shi H#, Zhang M, Liu B, Mao S, Li L, Tong F, Liu G, Yang S, and Wang H*. Poly C binding protein 1 represses autophagy through downregulation of LC3B to promote tumor cell apoptosis in starvation. International Journal of Biochemistry and Cell Biology, 2016,73，127-136. IF=4.056.（# Co-first author）

ZHANG Wenliang, ZHANG Mingming, LIU Bin, SHI Hongshun, WANG Haihe*. Optimal timing of autophagy occurrence induced by earle’s balanced salts solution in DLD-1, HCT-116, A2780, CHO, Hep G2 and SMMC7721 cancer cell lines. Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Sun Yat-seni, 2016, 55（4）, 108-117.（Chinese core, English articles）

Li L, Shi H, Zhang M, Guo X, Tong Fang, Zhang W, Zhou J, Wang H*, and Yang S*. Upregulation of metastasis-associated PRL-3 initiates chordoma in zebrafish. International Journal of Oncology，2016,48（4）1541-1552. IF=3.03.

精准医学生物信息实验室

Bioinformatics Laboratory for Precision Medicine

研究成员

鼓励学生积极参加国内外各类学术会议

毕业学生