Sequence Profiler

Sequence Profiler is a ultility of DeepSEA that performs "in silico saturated mutagenesis" analysis for discovering informative sequence features within any sequence. Specifically it performs computational mutation scanning and inspect effects of mutating every base of the input sequence on chromatin feature prediction.

   STEP 1 - Select feature
    • 8988T
      • DNase
    • A549
      • ATF3
      • BCL3
      • BHLHE40
      • CEBPB
      • CREB1
      • CTCF
      • DNase
      • ELF1
      • ETS1
      • FOSL2
      • FOXA1
      • GABP
      • GR
      • Max
      • NRSF
      • p300
      • Pol2
      • Pol2(phosphoS2)
      • Rad21
      • Sin3Ak-20
      • SIX5
      • TAF1
      • TCF12
      • USF1
      • YY1
      • ZBTB33
    • Adult_CD4_Th0
      • DNase
    • AG04449
      • CTCF
      • DNase
    • AG04450
      • CTCF
      • DNase
    • AG09309
      • CTCF
      • DNase
    • AG09319
      • CTCF
      • DNase
    • AG10803
      • CTCF
      • DNase
    • AoAF
      • CTCF
      • DNase
    • AoSMC
      • DNase
    • BE2_C
      • CTCF
      • DNase
    • BJ
      • CTCF
      • DNase
    • Caco-2
      • CTCF
      • DNase
    • CD20+
      • DNase
    • CD34+_Mobilized
      • DNase
    • Chorion
      • DNase
    • CLL
      • DNase
    • CMK
      • DNase
    • Dnd41
      • CTCF
      • EZH2
    • ECC-1
      • CTCF
      • ERalpha
      • FOXA1
      • GR
      • Pol2
    • Fibrobl
      • CTCF
      • DNase
    • FibroP
      • DNase
    • Gliobla
      • CTCF
      • DNase
      • Pol2
    • GM06990
      • CTCF
      • DNase
    • GM08714
      • ZNF274
    • GM10847
      • NFKB
      • Pol2
    • GM12801
      • CTCF
    • GM12864
      • CTCF
      • DNase
    • GM12865
      • CTCF
      • DNase
    • GM12872
      • CTCF
    • GM12873
      • CTCF
    • GM12874
      • CTCF
    • GM12875
      • CTCF
    • GM12878
      • ATF2
      • ATF3
      • BATF
      • BCL11A
      • BCL3
      • BCLAF1
      • BHLHE40
      • BRCA1
      • CEBPB
      • c-Fos
      • CHD1
      • CHD2
      • c-Myc
      • COREST
      • CTCF
      • DNase
      • E2F4
      • EBF1
      • Egr-1
      • ELF1
      • ELK1
      • ETS1
      • EZH2
      • FOXM1
      • GABP
      • IKZF1
      • IRF4
      • JunD
      • Max
      • MAZ
      • MEF2A
      • MEF2C
      • MTA3
      • Mxi1
      • NFATC1
      • NF-E2
      • NFIC
      • NFKB
      • NF-YA
      • NF-YB
      • Nrf1
      • NRSF
      • p300
      • PAX5-C20
      • PAX5-N19
      • Pbx3
      • PML
      • Pol2
      • Pol2(phosphoS2)
      • Pol2-4H8
      • Pol3
      • POU2F2
      • PU.1
      • Rad21
      • RFX5
      • RUNX3
      • RXRA
      • SIN3A
      • SIX5
      • SMC3
      • SP1
      • SRF
      • STAT1
      • STAT3
      • STAT5A
      • TAF1
      • TBLR1
      • TBP
      • TCF12
      • TCF3
      • TR4
      • USF1
      • USF2
      • WHIP
      • YY1
      • ZBTB33
      • ZEB1
      • Znf143
      • ZNF274
      • ZZZ3
    • GM12891
      • CTCF
      • DNase
      • NFKB
      • PAX5-C20
      • Pol2
      • Pol2-4H8
      • POU2F2
      • PU.1
      • TAF1
      • YY1
    • GM12892
      • CTCF
      • DNase
      • NFKB
      • PAX5-C20
      • Pol2
      • Pol2-4H8
      • TAF1
      • YY1
    • GM15510
      • NFKB
      • Pol2
    • GM18505
      • NFKB
      • Pol2
    • GM18507
      • DNase
    • GM18526
      • NFKB
      • Pol2
    • GM18951
      • NFKB
      • Pol2
    • GM19099
      • NFKB
      • Pol2
    • GM19193
      • NFKB
      • Pol2
    • GM19238
      • CTCF
      • DNase
    • GM19239
      • CTCF
      • DNase
    • GM19240
      • CTCF
      • DNase
    • H1-hESC
      • ATF2
      • ATF3
      • Bach1
      • BCL11A
      • BRCA1
      • CEBPB
      • CHD1
      • CHD2
      • c-Jun
      • c-Myc
      • CtBP2
      • CTCF
      • DNase
      • Egr-1
      • EZH2
      • FOSL1
      • GABP
      • GTF2F1
      • H2AK5ac
      • H2AZ
      • H2BK120ac
      • H2BK12ac
      • H2BK15ac
      • H2BK20ac
      • H2BK5ac
      • H3K14ac
      • H3K18ac
      • H3K23ac
      • H3K23me2
      • H3K27ac
      • H3K27me3
      • H3K36me3
      • H3K4ac
      • H3K4me1
      • H3K4me2
      • H3K4me3
      • H3K56ac
      • H3K79me1
      • H3K79me2
      • H3K9ac
      • H3K9me3
      • H4K20me1
      • H4K5ac
      • H4K8ac
      • H4K91ac
      • HDAC2
      • JARID1A
      • JunD
      • MafK
      • Max
      • Mxi1
      • NANOG
      • Nrf1
      • NRSF
      • p300
      • Pol2
      • Pol2-4H8
      • POU5F1
      • Rad21
      • RBBP5
      • RFX5
      • RXRA
      • SIN3A
      • Sin3Ak-20
      • SIX5
      • SP1
      • SP2
      • SP4
      • SRF
      • SUZ12
      • TAF1
      • TAF7
      • TBP
      • TCF12
      • TEAD4
      • USF1
      • USF2
      • YY1
      • Znf143
    • H7-hESC
      • DNase
    • H9ES
      • DNase
    • HAc
      • CTCF
      • DNase
    • HAEpiC
      • DNase
    • HA-h
      • DNase
    • HA-sp
      • CTCF
      • DNase
    • HBMEC
      • CTCF
      • DNase
    • HCF
      • DNase
      • CTCF
      • DNase
    • HCFaa
      • CTCF
      • DNase
    • HCM
      • CTCF
      • DNase
    • HConF
      • DNase
    • HCPEpiC
      • CTCF
      • DNase
    • HCT-116
      • CTCF
      • DNase
      • Pol2
      • Pol2-4H8
      • TCF7L2
      • YY1
      • ZBTB33
    • HEEpiC
      • CTCF
      • DNase
    • HEK293
      • CTCF
      • ELK4
      • KAP1
      • Pol2
      • TCF7L2
      • ZNF263
    • HEK293-T-REx
      • ZNF263
    • HeLa-S3
      • AP-2alpha
      • AP-2gamma
      • BAF155
      • BAF170
      • BDP1
      • BRCA1
      • BRF1
      • BRF2
      • Brg1
      • CEBPB
      • c-Fos
      • CHD2
      • c-Jun
      • c-Myc
      • COREST
      • CTCF
      • DNase
      • E2F1
      • E2F4
      • E2F6
      • ELK1
      • ELK4
      • EZH2
      • GABP
      • GTF2F1
      • HA-E2F1
      • Ini1
      • IRF3
      • JunD
      • MafK
      • Max
      • MAZ
      • Mxi1
      • NF-YA
      • NF-YB
      • Nrf1
      • NRSF
      • p300
      • Pol2
      • Pol2(b)
      • Pol2(phosphoS2)
      • PRDM1
      • Rad21
      • RFX5
      • RPC155
      • SMC3
      • SPT20
      • STAT1
      • STAT3
      • TAF1
      • TBP
      • TCF7L2
      • TFIIIC-110
      • TR4
      • USF2
      • ZKSCAN1
      • Znf143
      • ZNF274
      • ZZZ3
    • Hepatocytes
      • DNase
    • HepG2
      • ARID3A
      • ATF3
      • BHLHE40
      • BRCA1
      • CEBPB
      • CEBPD
      • CHD2
      • c-Jun
      • c-Myc
      • COREST
      • CTCF
      • DNase
      • ELF1
      • ERRA
      • EZH2
      • FOSL2
      • FOXA1
      • FOXA2
      • GABP
      • GRp20
      • HDAC2
      • HNF4A
      • HNF4G
      • HSF1
      • IRF3
      • JunD
      • MafF
      • MafK
      • Max
      • MAZ
      • MBD4
      • Mxi1
      • MYBL2
      • NFIC
      • Nrf1
      • NRSF
      • p300
      • PGC1A
      • Pol2
      • Pol2(phosphoS2)
      • Pol2-4H8
      • Rad21
      • RFX5
      • RXRA
      • Sin3Ak-20
      • SMC3
      • SP1
      • SP2
      • SREBP1
      • SRF
      • TAF1
      • TBP
      • TCF12
      • TCF7L2
      • TEAD4
      • TR4
      • USF1
      • USF2
      • YY1
      • ZBTB33
      • ZBTB7A
      • ZNF274
    • HFF
      • CTCF
      • DNase
      • CTCF
      • DNase
    • HFF-Myc
      • CTCF
      • DNase
    • HGF
      • DNase
    • HIPEpiC
      • DNase
    • HL-60
      • CTCF
      • DNase
    • HMEC
      • CTCF
      • DNase
      • EZH2
    • HMF
      • CTCF
      • DNase
    • HMVEC-dAd
      • DNase
    • HMVEC-dBl-Ad
      • DNase
    • HMVEC-dBl-Neo
      • DNase
    • HMVEC-dLy-Ad
      • DNase
    • HMVEC-dLy-Neo
      • DNase
    • HMVEC-dNeo
      • DNase
    • HMVEC-LBl
      • DNase
    • HMVEC-LLy
      • DNase
    • HNPCEpiC
      • DNase
    • HPAEC
      • DNase
    • HPAF
      • CTCF
      • DNase
    • HPDE6-E6E7
      • DNase
    • HPdLF
      • DNase
    • HPF
      • CTCF
      • DNase
    • HRCEpiC
      • DNase
    • HRE
      • CTCF
      • DNase
    • HRGEC
      • DNase
    • HRPEpiC
      • CTCF
      • DNase
    • HSMM
      • CTCF
      • DNase
      • EZH2
      • DNase
      • CTCF
      • DNase
      • EZH2
    • HSMM_emb
      • DNase
    • HSMMtube
      • CTCF
      • DNase
      • EZH2
    • HTR8svn
      • DNase
    • Huh-7
      • DNase
    • Huh-7.5
      • DNase
    • HUVEC
      • c-Fos
      • c-Jun
      • c-Myc
      • CTCF
      • DNase
      • EZH2
      • GATA2
      • Max
      • Pol2
      • Pol2(b)
      • Pol2-4H8
    • HVMF
      • CTCF
      • DNase
    • IMR90
      • CEBPB
      • CTCF
      • MafK
      • Pol2
      • Rad21
    • iPS
      • DNase
    • Ishikawa
      • DNase
    • Jurkat
      • DNase
    • K562
      • ARID3A
      • ATF1
      • ATF3
      • Bach1
      • BCL3
      • BCLAF1
      • BDP1
      • BHLHE40
      • BRF1
      • BRF2
      • Brg1
      • CBX3
      • CCNT2
      • CEBPB
      • c-Fos
      • CHD1
      • CHD2
      • c-Jun
      • c-Myc
      • COREST
      • CTCF
      • CTCFL
      • DNase
      • E2F4
      • E2F6
      • eGFP-FOS
      • eGFP-GATA2
      • eGFP-HDAC8
      • eGFP-JunB
      • eGFP-JunD
      • Egr-1
      • ELF1
      • ELK1
      • ETS1
      • EZH2
      • FOSL1
      • GABP
      • GATA1
      • GATA2
      • GTF2B
      • GTF2F1
      • H2AZ
      • H3K27ac
      • H3K27me3
      • H3K36me3
      • H3K4me1
      • H3K4me2
      • H3K4me3
      • H3K79me2
      • H3K9ac
      • H3K9me1
      • H3K9me3
      • H4K20me1
      • HDAC1
      • HDAC2
      • HDAC6
      • HMGN3
      • Ini1
      • IRF1
      • JunD
      • KAP1
      • MafF
      • MafK
      • Max
      • MAZ
      • MEF2A
      • Mxi1
      • NELFe
      • NF-E2
      • NF-YA
      • NF-YB
      • NR2F2
      • Nrf1
      • NRSF
      • p300
      • PHF8
      • PLU1
      • PML
      • Pol2
      • Pol2(b)
      • Pol2(phosphoS2)
      • Pol2-4H8
      • Pol3
      • PU.1
      • Rad21
      • RBBP5
      • RFX5
      • RPC155
      • SAP30
      • SETDB1
      • Sin3Ak-20
      • SIRT6
      • SIX5
      • SMC3
      • SP1
      • SP2
      • SRF
      • STAT1
      • STAT2
      • STAT5A
      • TAF1
      • TAF7
      • TAL1
      • TBLR1
      • TBP
      • TEAD4
      • TFIIIC-110
      • THAP1
      • TR4
      • TRIM28
      • UBF
      • UBTF
      • USF1
      • USF2
      • YY1
      • ZBTB33
      • ZBTB7A
      • Znf143
      • ZNF263
      • ZNF274
    • LNCaP
      • DNase
    • MCF10A-Er-Src
      • c-Fos
      • c-Myc
      • E2F4
      • Pol2
      • STAT3
    • MCF-7
      • c-Myc
      • CTCF
      • DNase
      • GATA3
      • HA-E2F1
      • Pol2
      • TCF7L2
      • ZNF217
    • Medullo
      • DNase
    • Melano
      • DNase
    • Monocytes-CD14+_RO01746
      • DNase
    • Monocytes-CD14+RO01746 
      • H2AZ
      • H3K27ac
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      • DNase
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      • c-Myc
      • CTCF
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   STEP 2 - Enter your input sequence

a 1000bp dna sequence:

a dna file(fasta):

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